本规划采用McHarg生态规划方法，结合Lewis建立的环境资源分析方法。在充分论证和筛选利用以往有关科研成果和资料的基础上，以生态系统工程的基本理论为指导，以系统优化分析作为规划的方法和手段，使系统目标达到较为优化为目的。
　　规划范围：覆盖五桂山、东区、南区、南朗、三乡、板芙6个镇区，规划总面积为197.44平方公里（见边界图）。
　　规划目标：通过五桂山生态保护规划的实施，将五桂山打造为中山市创建“两宜城市”的生态基石、中山市绿肺、珠江口西岸重要生态屏障、珠江三角洲重要生态节点；将五桂山建设成为生物多样性丰富、生态系统健康完整、水资源利用合理、水质洁净、居民生活富裕的生态保护区。
　　（1）近期（2007-2010）——生态修复期：重点修复受污染水体、受破坏山体和受损生态系统。
　　（2）远期（2011-2020）——辐射提升期：通过生态修复，以及各生态功能区生态辐射作用的提升，实现五桂山各生态功能区之间以及五桂山生态保护区与中山市生态和谐发展。
　　生态分区：五桂山生态保护区共划分为3个生态功能区和11个生态功能控制区（单元）。3个生态功能区分别是水源水库生态功能区（Ⅰ）、森林生态屏障区（Ⅱ）、引导开发与生态调控区（Ⅲ）。11个生态控制区（单元）分别是长江水库水源生态控制区（Ⅰ1）、逸仙水库水源生态控制区（Ⅰ2）、横径水库水源生态控制区（Ⅰ3）、五桂山主峰森林生态控制区（Ⅱ1）、乌石顶森林生态控制区（Ⅱ2）、南台山森林生态控制区（Ⅱ3）、桂南生态开发与调控区（Ⅱ4）、大尖山生态旅游生态控制区（Ⅲ1）、龙石生态工业生态控制区(Ⅲ2)、长命水生态开发与调控区（Ⅲ3）、五桂山行政与居民生活生态区（Ⅲ4）。
　　生态功能控制等级：生态功能控制等级的划分主要是根据生态功能控制区的生态敏感性大小，以及各生态功能控制单元在维护区域生态系统完整性和生态系统健康所起作用的大小。根据五桂山区域生态保护要求，将五桂山生态控制等级分为三级，一级为严格保护(面积31.85Km2)，二级为控制性保护(面积129.06Km2)，三级为协调性保护(面积36.53Km2)。
　　生态体系控制。
　　一体化生态体系建设：土地利用方式的集中；农村居住点向镇区的集中；分散工业向园区的集中。
　　景观生态体系建设：“三区、四线、四节点”。
　　生物多样性保护：
　　分级保护：划分为重点保护区、一般保护区和生产生活区共3个保护圈层。
　　分类保护：分为重要水库集雨区、地形地貌及山体保护区、森林植被保护区、生态脆弱恢复区和发展控制区5个保护类别。
　　水资源保护规划：
　　近期（2007－2010）：巩固和维持现有水库水资源总量，提高水库集水区的水源涵养能力，水库水质达到Ⅱ类水平，河涌水质达到Ⅲ类水平。
　　远期（2011－2020）：加强库区生态安全建设和水源涵养林建设，确保区域水资源安全，为中山市提供可靠的后备淡水资源保障。水库水质达到Ⅱ类以上水平，河涌水质达到Ⅲ类以上水平。
　　生态产业发展规划：产业结构由“二三一”逐步向“三一”转变。
　　农业：发展林果种植业、立体水产养殖和观光农业等具有山区优势的特色农业。
　　工业：严格限制工业发展，调整工业结构，污染企业关闭或搬迁；近期可保留长命水和龙石工业园，远期工业逐步迁出保护区。
　　现代服务业：发展生态旅游、教育和绿色房地产业。
　　重点工程及投资：共4类15项，总投资5.83亿元。